◆ストーリー

　2029年3月、総理大臣暗殺事件という戦後最大の事件が発生した。被害者の中には草薙素子のかつての上司、501機関のクルツもいた。

　バトーやトグサたち、寄せ集めメンバーと捜査を開始する草薙。「お前たちは私のパーツだ。パフォーマンスを発揮出来ないヤツはパージする」と言い放つ草薙に、「俺たちはパーツか？」と反発するメンバー。

　事件の背後にあったのは、義体開発の行く末を左右する技術的障害“デッドエンド”をめぐる政治的取引。さらに“洗脳・ゴーストへの侵入、・疑似記憶の形成”を一度に行う電脳ウィルス“ファイア・スターター”の存在も見え隠れする。そして、事件を捜査する中で掴んだ手がかりは、草薙の秘められた生い立ちにも繋がっていたのだった……。

　暗躍する謎のサイボーグ。総理大臣暗殺の真相。“第三世界”の存在。その先に待ち構える罠。たった１人で己の“戦場”に向かう草薙は、後に残すメンバーに最後の“命令”を告げる。

「自分のゴースト（魂）に従え」。

　残された6人が己のゴーストに従う時、はぐれ者の寄せ集め集団は最高のパフォーマンスを発揮するチームへと変化する。

　“攻殻機動隊”誕生の瞬間に、世界は震撼する―。