アフリカ大陸の大都市“ニューモンバサ”で行われた“悔恨の預言者”捕獲作戦。本作は、“マスターチーフ”がこの作戦でスリップスペースに突入した時と同じくして、軌道降下特殊部隊“ODST”の新メンバーである主人公・ルーキーが別作戦に参加していた、という視点で進行する。ニューモンバサを救うため、コヴナント巡洋艦に向け降下したルーキーたち。しかし、スリップスペースジャンプに巻き込まれ、散り散りとなってニューモンバサに不時着してしまい……

▲ニューモンバサ上空のコヴナント巡洋艦に突入するはずだったが……。

　不時着から6時間後、コヴナントがはびこる崩壊したニューモンバサで目を覚ますルーキー。そこで見たものは、闇に包まれたニューモンバサで何かを探しているコヴナントたちの姿だった――。ルーキーは、はぐれたODSTの隊員たちを探すため、1人、崩壊した街に潜入。自分が目覚めるまでの6時間の間に、仲間たちの身に何が起こったのかをたどりながら、コヴナントのニューモンバサ侵攻に隠された秘密に迫ることとなる。

▲不時着時のニューモンバサ（写真上）と、6時間後の街の様子（写真右）。一体、6時間の間に何が起こったのだろうか？