宇宙世紀0079、地球連邦政府に対し、スペースコロニー群サイド3のジオン公国が反旗を翻した。一年戦争と呼ばれるその戦いは、新型モビルスーツ（MS）ガンダムに乗るアムロ・レイらの活躍もあり、地球連邦軍の勝利によって幕を閉じた。
　宇宙世紀0083年に勃発したデラーズ紛争から4年を経た宇宙世紀0087年。連邦軍内にはジャミトフ・ハイマン率いる、アースノイド至上主義者たちによるエリート部隊ティターンズが発足し、権力をほしいままにしていた。一方、ティターンズのスペースノイド弾圧に対抗すべく、ブレックス・フォーラらは反地球連邦組織エゥーゴを結成し、反旗を翻したのであった。そして、その中核メンバーの中には、かつて一年戦争で「赤い彗星」の異名で呼ばれたジオンのエースパイロットであり、ニュータイプ論を説いたジオン公国の祖ジオン・ダイクンの遺児でもあるシャア・アズナブルが、クワトロ・バジーナと名を変えて所属していた。
　スペースコロニー、グリーン・ノアに住む少年カミーユ・ビダンは、ティターンズの将校ジェリド・メサといさかいを起こし、ティターンズに捕らわれてしまう。ちょうどそのとき、ティターンズの新型MSのガンダムMk-Ⅱを奪取すべく、クワトロがグリーン・ノアに潜入。その騒ぎに便乗してガンダムMk-Ⅱを奪ったカミーユは、クワトロに連れられてエゥーゴへと参加することになる。一方、ティターンズには木星帰りのニュータイプ、パプテマス・シロッコが参入し、争いは混迷の度合いを増していく。

　新主人公であるカミーユの登場が、キャラクター面における最大のみどころ。前作の主人公であるアムロが、内向的で比較的おとなしかったのに対し、カミーユは感情を激発させることが多いキャラクターとなっている。若者ならではの感覚から、大人であるクワトロたちに反抗心を抱くことも少なくなく、アムロとは異なる新たな主人公像を形成していた。
　一方、影の主人公ともいうべき、クワトロ（シャア）の行動にも注目したい。自らの意思に反し、表舞台に立たされていくそのさまからは、のちの『機動戦士ガンダム 逆襲のシャア』につながる、彼の行動原理を知ることができる。
　なお、キャラクター面のギミックとしての新たな試みとして強化人間（人工ニュータイプ）の登場があげられる。強化人間であるフォウとカミーユの悲恋は、ガンダムシリーズ屈指の人気を誇るエピソードである。TV版、劇場版ともにフォウが死んでしまうため、どちらの作品でも2人の恋は実らず、劇場版に限っては、キリマンジャロでの再会も叶わなかった。

●エゥーゴ

　反地球連邦組織「Anti Earth United Government」の略（諸説あり）。スペースノイドの弾圧を繰り返すティターンズの横行に対抗すべく、地球連邦軍のブレックス・フォーラ准将らが中心となって結成した。軍産複合体であるアナハイム・エレクトロニクスから出資を受けており、地球上における支援団体としてハヤト・コバヤシが中核人物として参加するカラバがある。
　エゥーゴの構成員は、既得権益をティターンズによって侵害され、反発関係にある地球連邦宇宙軍に所属していた将兵が多い。なお、創設に際してはクワトロ・バジーナことシャア・アズナブル（キャスバル・レム・ダイクン）も深く関与し、ジオン公国軍の残党も多く参加している。
　ちなみに、ブレックスはエゥーゴ創設後も依然として地球連邦軍准将の役職にあり、地球連邦議会への出席権を有している。