コズミック・イラ（C.E.）71年、地球連合とプラント（ザフト）間に勃発したヤキン・ドゥーエ戦役は、キラ・ヤマトと戦艦アークエンジェル、ラクス・クラインの活躍によって終結した。
　C.E.73年、オーブ連合首長国の代表カガリ・ユラ・アスハは、アレックス・ディノことアスラン・ザラをともない、ザフトのプラント、アーモリーワンを訪問した。しかし、そこに新型モビルスーツ（MS）ガンダムの強奪事件が発生。前戦役のオーブ解放作戦によって家族を失ったことでオーブを憎むインパルスガンダムのパイロット、シン・アスカは、新造艦ミネルバで、アレックスらとともに、ガンダムを奪った連合の特殊部隊ファントムペインを追う。しかし、ガンダム奪還は失敗。そこに、廃棄されていたプラント・ユニウスセブンが、ナチュラル廃絶を唱えるザラ派のテロ行為によって、地球に向けて落下しているとの情報が入ってくる。
　シンたちの奮闘もむなしく、ユニウスセブンの落下により、地球は甚大な被害を被った。ブレイク・ザ・ワールドと呼ばれるこの大事件を、ザフトのしわざとした地球連合はプラントへ宣戦を布告。一方、地上に降下したミネルバは、中立国であるオーブを訪れていた。しかし、地球連合に懐柔されていたオーブの実力者セイラン家により、オーブはプラントと敵対の意を示し、ミネルバはオーブを追われることとなる。

　前作で熱狂的なファンを獲得した、キラやアスラン、ラクスなどの美形キャラクター。その復活がこの作品のみどころの１つであることは、疑う余地もない。また、シンやレイ、ルナマリアなどの新キャラクターも、前作のキャラクターに負けない人気を誇り、主要キャラクターそれぞれをフィーチャーしたCDが発売されたほどの盛り上がりを見せた。
　ストーリーの見地に立てば、前作の主人公キラと、この作品の主人公シンの対立が大きなみどころだ。「家族をオーブの失策（と彼は認識している）で失った」という深い悲しみを抱き、戦争を憎悪するシン。同じく前大戦で、多くの人の死を目の当たりにし、憎しみが生み出す悲しみを知ったキラ。シンもキラも、望むものは平和だが、その道は戦いが終結するまで交わることはない……。シンとキラ、どちらに感情移入するかによって、ストーリーはまったく異なる側面を見せる。

●ザフト

　コロニー国家であるプラントが擁する軍事組織。名称は「Zodiac Alliance of Freedom Treaty」の略である。本来は政治結社だが、実質的にはMSなどの戦力を有する軍隊として機能している。士官学校を好成績で卒業したものはザフトレッド（赤服）と呼ばれるエリートとして扱われるほか、プラント国防委員会直属のFAITH（Fast Acting Integrate Tactical Headquarters）と呼ばれる特務隊も存在する。
　FAITHは他のザフト部隊とは独立し、個々の判断で行動する自由を与えられるほか、ザフトの部隊に対し作戦を立案し、実行させる権限を有している。劇中ではアスラン・ザラ、シン・アスカ、レイ・ザ・バレル、タリア・グラディス、ハイネ・ヴェステンフルスがFAITHに任命されている。