皇暦2010年。「神聖ブリタニア帝国」は、突如として日本への侵攻を開始した。このときの首相、枢木ゲンブが謎の死を遂げ、ブリタニアに占領された日本はエリア11と呼ばれ、日本人もまたナンバーズとして、迫害の対象になってしまった。
　そして7年が経過したある日。アッシュフォード学園に通う学生ルルーシュ・ランペルージは、ひょんなことからレジスタンス活動を行う日本人テロリストのトラックの荷台に閉じ込められ、ブリタニアの兵士にテロリストとして疑われてしまう。兵士たちのなかには7年前に生き別れとなったルルーシュの親友、枢木スザクの姿があった。再会もつかの間、ルルーシュを助けようとして上官に逆らったスザク、そして積荷から現れた謎の女──C.C（. シーツー）──が撃たれる。ルルーシュもまた自身の死を覚悟するが、そのときC.C.の声がルルーシュの脳裏に響く。C.C.との契約に応じ、目を見た者に一度だけあらゆる命令を下せる絶対遵守の力、「ギアス」を手に入れたルルーシュは、兵士たちに死を命じる……。

　主人公であるルルーシュ（ゼロ）は、目的のためならば手段を選ばない冷徹な人物として描かれている。そして、ルルーシュ本人はさしたる戦闘能力をもたないが、その頭脳が生み出す策略が大局を動かしていく。こうした主人公像は、従来のロボットアニメではほとんど見られないものである。一方で、妹のナナリーや友人に対しては深い思いやりを見せるというそのギャップもまた大きな魅力となっている。それゆえに生じる、親友スザクとの確執は、物語の大きな柱の1つである。
　なお、キャラクターデザイン原案をマンガ家ユニットのCLAMPが担当。さらにキャラクターデザインを美少女キャラクターを描くことに定評のある木村貴宏が担当したこともあり、男女問わず高いキャラクター人気を獲得している。

●神聖ブリタニア帝国

　ブリタニア大陸にある国。今の皇帝は、シャルル・ジ・ブリタニア。武力侵略によって領土の拡張を繰り返し、現在ではアジアの中華連邦、ヨーロッパのE.U.と世界を3分する超大国となっている。
　ブリタニアでは貴族制が敷かれており、その階級制度は厳しい。とくに、占領地域（エリア）の住民はナンバーズとして迫害の対象となっている。彼らは所定の手続きと試験を経ることで、名誉ブリタニア人として認められるが、ほかのナンバーズから白眼視され、さらにはブリタニア人のなかにも彼らを快く思わない者が多い。