『ロックマンゼクス』から数年の時を経て『ロックマンゼクスアドベント』が降臨！

「ボクは失敗作なんかじゃない……！
　ボクだって……ボクだって……ロックマンだ！」

　とある研究所でコールドスリープ状態にあった少年。戦闘に巻き込まれて目覚めたとき、自分のことはなにひとつ覚えていなかった。 「失敗作は処分する」と宣言する少女“パンドラ”の攻撃を受け、状況も飲み込めないまま研究所を飛び出すことになる。

【グレイの眠っていたカプセル】
　研究所にあったカプセルの数は5つ。そのうち4つは、すでに何者かが覚醒したあとだったという。

「勝手に決めつけないでくれる？
　これはアタシの人生。アタシの物語なんだ」

　本作のもう1人の主人公で、凄腕のハンター。連合政府「レギオンズ」の依頼を受け、ライブメタル・モデルAを盗んだ違法ハンターを追っている。金にはうるさいが、正義感は強く、曲がったことや違法性のある依頼は受けようとしない。

【“アッシュ”の飛行挺】
　ハンターギルドから支給された、機動性を重視したスプリントタイプの飛行挺。

　ロックマンとは、ライブメタルに結晶化された知識を再生するためのシステム（R.O.C.K.システム）に適合して変身（ロックオン）したヒトのこと。戦うたびに経験を蓄積して成長を遂げるロックマン・モデルAは、究極のロックマンと言っても過言ではない。

「オイラを呼んだのはお前か？いいぜ、
追われる者同士、力を貸してやるよ!!!」　違法ハンターによって遺跡から発掘された意志を持つ金属。世界に関わる重大な情報がおさめられていると言われる。

「さあ……楽しもうじゃないか！
あの男が仕組んだ運命のゲームを！」

“パンドラ”と行動を共にし、ハンターから「死神」と呼ばれ恐れられている少年。ライブメタル・モデルAを空輸中のハンターを追う途中に“アッシュ”と出会う。

「あなたは……わたしと同じ……
　ロックマンのひとり……
　でも……めざめが早すぎた……」

“プロメテ”と行動を共にし、ハンターから「魔女」と呼ばれ恐れられている少女。“グレイ”をロックマンの失敗作と告げ、処分しようとする。