●チャプター“わかり合う者たち”
主なキャラ：アムロ・レイ、刹那・F・セイエイ、コウ・ウラキ、キラ・ヤマト、ティファ・アディールなど

　アムロ・レイと合流したコウ・ウラキは、自分たちが未知の土地で孤立していることを認識した。仲間のもとへ帰るため協力することを決めた彼らは、戦いに巻き込まれる過程で刹那・F・セイエイやティファ・アディール、キラ・ヤマトなどと出会い、その勢力を拡大していく。情報を収集した彼らは「謎の信号を発する施設を停止・破壊していく必要がある」という結論に至り、作戦を開始。しかし、なぜか施設を防衛・保護しようとする勢力が彼らの活動を妨害する。このチャプターでは、防衛を行う敵勢力と敵対し、激しい戦闘になりながらも、その理由を問い、わかり合おうとすることで、世界の謎を解いていくストーリーが展開していく。

●チャプター“疑う者たち”
主なキャラ：バナージ・リンクス、シャア・アズナブル、リボンズ・アルマークなど

　異世界で孤立していたバナージ・リンクスは、ネオ・ジオンと思われる勢力に包囲される。そのネオ・ジオンは彼の知る“袖付き”ではなく、“赤い彗星”シャア・アズナブルを総帥とするネオ・ジオンだった。捕獲されたバナージは本物の赤い彗星を前に萎縮（いしゅく）するが、そこに得体の知れない人物、リボンズ・アルマークが現れ、この未知の世界で何をすべきなのか、それを見極めるために自分たちに力を貸してほしいと語る。捕虜という状況からして協力せざるを得ないバナージは、得体の知れない相手を警戒しつつも、この異世界に対して感じるズレに向き合っていく。本チャプターは、人を疑うことで起きるトラブルを中心にストーリーが展開する。

●チャプター“すれ違う者たち”
主なキャラ：オードリー・バーン、ハマーン・カーン、ガロード・ラン、パプテマス・シロッコなど

　異世界で目覚めたオードリー・バーン（ミネバ・ザビ）は、ガロード・ランに保護され、彼らが拠点としている施設に迎えられる。しかし、その勢力のリーダーはオードリーとは敵対関係にあたるティターンズのパプテマス・シロッコだった。彼に素性を悟られぬようオードリーの偽名を使い、つつがなくその組織に迎え入れられるオードリー。そこに、彼女の摂政であるハマーン・カーンが現れる。このチャプターでは、ハマーンとオードリーの意見のすれ違い、シロッコとハマーンの対立などを交えつつストーリーが展開する。