『ロックマンX2』がWii U用バーチャルコンソールに登場！ 隠し要素や謎解きが盛り込まれたシリーズ第2弾

-STORY-

　前作のシグマとの戦いから半年。電子頭脳に支障をきたしたレプリロイド「イレギュラー」は増加の一途を辿り、その逆襲により一部のイレギュラーハンター組織は壊滅してしまう。

　捕獲されたレプリロイドを解析した結果、体内からイレギュラー化を促す特殊なチップが発見され、そこにはシグマのマークが刻まれていた。この事件にシグマの残党が絡んでいると確信した「エックス」は、第17部隊を率いイレギュラー製造工場を破壊。

　しかし、「カウンターハンター」と名のる者たちが現れ、“ある計画”を推し進めるべく、8体の特A級レプリロイドを各地に送り込み、全世界的な反乱を企てる。反乱を阻止すべく、エックスは再び戦いの渦中へと巻き込まれていくのであった。