もうすぐ京常見学園主催の町おこしイベントの季節。
　生徒会が一丸とならなければいけないという時、蓮は蛍がたびたび姿を消していることに気付く。密かに蛍の後を追っていくと、音楽の女性教師・三上早月と2人きりで密会している蛍の姿が……。しきりに三上にちょっかいを出してまとわり付く蛍の様子に驚き、呆然とする蓮。しかも、その密会現場を新聞部のホームズとワトソンにも目撃されてしまい……。

　一方、ハルトは自分と同じ、どこか孤独を抱えているようなジェイの様子が気にかかっていた。そんなハルトの心も知らず、天奈のペンダントが羽早川の手元にあるのではないかと睨んだジェイは、虎視眈々と羽早川との接触の機会を狙うのだった。

　バトラーズ――それは、とある宿命を背負った千年の歴史をもつ一族の守護者。

　ジェイは妹のテンナと共に、同じバトラーであった羽早川と平和で穏やかな生活を送っていた。
　しかし、平穏な日々が突如、一変する。
　テンナは時空の歪みに飲み込まれ、ジェイの身は100年後の世界へと……。

　目覚めたジェイが目にしたものは、かつて暮らしていた屋敷が現存する京常見（こよみ）学園。
　ジェイは神宮司高馬と名乗り、学園に生徒会長として在学し、過去の手がかりを探す。
　すべてはかつての日々を取り戻すため――。

　百年の想いが手繰り寄せた再会と、決別。
　歴史に埋もれた千年の血族の秘密と、宿命。
　そして、ジェイは世界の真実を知る。

　千年の血縁と百年の思いが今、交錯する――。