真相に気付いたホームズたちがジェイに危機を知らせようとするも一足遅く、天奈のペンダントとブローチは輝に奪われてしまった。
その間にもおぞましい渦を巻いた時空の歪みは、刻々と京常見町の空に拡がっていく。
「目的は一緒だ……」と去り際に言った、輝の謎の言葉。
その真意を測りかねながらも、ペンダントを取り返そうと輝を必死に追うジェイ。行きついた先には御国の姿があった。
御国は集まってきたジェイたちをあざ笑うように真相を明かし始める。
「さあ、そろそろ出発の時間だ」
強大な閃光が空を裂き、町が結界に覆われる――！

　バトラーズ――それは、とある宿命を背負った千年の歴史をもつ一族の守護者。

　ジェイは妹のテンナと共に、同じバトラーであった羽早川と平和で穏やかな生活を送っていた。
　しかし、平穏な日々が突如、一変する。
　テンナは時空の歪みに飲み込まれ、ジェイの身は100年後の世界へと……。

　目覚めたジェイが目にしたものは、かつて暮らしていた屋敷が現存する京常見（こよみ）学園。
　ジェイは神宮司高馬と名乗り、学園に生徒会長として在学し、過去の手がかりを探す。
　すべてはかつての日々を取り戻すため――。

　百年の想いが手繰り寄せた再会と、決別。
　歴史に埋もれた千年の血族の秘密と、宿命。
　そして、ジェイは世界の真実を知る。

　千年の血縁と百年の思いが今、交錯する――。