ストーリー

　レプリロイドを凶暴化させるΣウィルスの発生が発端となり、長きにわたって繰り広げられた“イレギュラー戦争”。その永遠に続くと思われた戦いも、ついにはひとりの英雄“エックス”の活躍によって終わりを告げ、世界は復興の道を歩み始めた。

　人間が幸せに生活することができるユートピアを目指し再生の拠点として築き上げられた都市“ネオ・アルカディア”。人々はようやく笑顔を取り戻せるかにみえた……。

　しかしそこではレプリロイドのイレギュラー化を恐れる政府が、不当な理由で次々とレプリロイドたちを処分していた。このままではみんな死んでしまう！　元科学者の少女“シエル”はある場所に今もねむっている伝説のレプリロイド“ゼロ”の名を思い出した……もし伝説が本当なら……。