『インテリジェント ライセンス2』に収録されているモードは、全部で6つ。1人でじっくりと遊ぶものから、ネットワークを利用して自分のランキングを確認できるなど、さまざまなコンテンツが用意されており、そこも本作の魅力の1つ。どんなモードが用意されているか見ていくとしよう。
メインとなるのがこのモード。テストごとに出題される問題（ステージ）を解いて、PQを測定していく。テストの種類は全部で5つ。ネットワークにアクセスしておかないと遊べないものもあるが、基本的に好きなモノを自由に選んでプレイすることができる。
100問テスト
5時間の制限時間の中で、100問を解いていくモード。途中でセーブすることも可能なので、じっくり好きな時に楽しめる。
簡易テスト
100問テストの縮小版。10分の制限時間で5つの問題を解いていく。手軽に遊べるので、友だち同士でワイワイ測定するなんて楽しみ方も。
テーマ別テスト
テーマごとに分類された問題にチャレンジしていく。テーマは5つで下記の通り。
| 一手指し | 一手でクリアできる問題を集めてある |
|---|---|
| 潜入問題 | 複数のギミックを突破してゴールを目指す |
| 推理問題 | 観察力や推理力が試される問題を収録 |
| 改善問題 | 答えは複数あり。より効率のいいクリアを！ |
| 超難問 | 段違いに難しい問題ばかり。上級者向け |
週刊テスト
毎週ネットワーク配信される5つの問題に挑戦する。ダウンロードした問題はストックが可能で、いつでも楽しむことができる。
ユーザー問題
他のユーザーが作成、投稿したオリジナルの問題を楽しむことができる。クリアした問題に対しては、いい問題か、悪い問題か投票可能。
PQ測定モードの各テストでの成績を閲覧できるモード。各テストで獲得した得点やPQの変化の履歴、子安教授のコメントなどで見られ、PQの成長の具合を手軽に確認することができる。また、公式サイトで開催されているネットランキングの順位もネットワークに接続することで確認が可能。
折れ線グラフでPQの変化が確認できるので、ひと目で成長の具合が見て取れる。 
子安教授のPQ診断では、PQを向上させるコツなどのアドバイスが見られる。
問題は用意されたものをプレイする以外に、自分で作成することもできる。問題の作成は、床や用意されたギミックを配置していくだけと簡単。趣向を凝らした問題を作成し、友だちや知人にプレイさせてみてはどうかな？ またクリアできなかった問題の解き方が、問題を作成する立場になってみてわかるといったことも。攻略としても役立つ要素!?
テストプレイでクリアできないと、完成できない仕組みとなっている。
作成した問題は自分で楽しむ以外に、ネットワークに投稿することで、世界中のプレイヤーに楽しんでもらうことも。問題にもランキングがあり、クリアしたユーザーの評価で上下する。難問を作って、問題ランキングのトップを目指せ!!
パソコンとPSPの無線LAN機能を利用して、インターネットに接続。問題の入手やネットランキングといった5つのコンテンツを楽しむことができる。なお、公式サイトではネットワークモードのコンテンツがパソコンで利用できるようになるソフトが無料で配布されている。このソフトを使えば、ネットワークモードからダウンロードした問題などを、USBケーブルだけでPSP本体に移すことが可能だ。利用しているパソコンが無線LANを搭載していなくても、ネットワークモードを楽しむことができる！
週刊テスト
毎週配信される問題をダウンロードおよびプレイすることができる。
ネットランキング
成績をアップロードすると、現在の全世界や国別、年齢別などのランキングが確認できる。自分の順位がわかれば、やる気もますます起こるハズ!!
問題の自動入手
条件を設定しておくと、自動的に問題をダウンロードしてくれる便利なモード。
問題ランキング
ユーザーが投稿した問題のランキングを閲覧、ダウンロードすることができる。
問題投稿
作成した問題を投稿する。他のプレイヤーが頭を悩ます問題を投稿しよう。
100問テストに収録されている問題を自由に選んで挑戦できるモード。制限時間などもないので、クリアできない問題を研究するのにもってこい。ちなみにおまけの問題が隠されているとか…!?
いわゆるチュートリアル。プレイヤーキャラの操作方法や各ギミックの特徴を確認することができる。実際にプレイしながら各要素を確認できるので、ひと通りプレイすれば必要な知識はばっちり!!
PSPのアドホック機能を使うことで、他のプレイヤーに体験版を渡すことも可能。体験版の内容は、制限時間20分で全10問にチャレンジするというもの。かなり難しい問題も収録されており、さらにPQもきちんと測定できるので、体験版とはいえ、じっくり遊ぶことができる。なお、受け取る側の本体のバージョンは2.81以上でないと受け取れないので要注意！
