シモンが搭乗する小型ガンメン「ラガン」と、カミナが搭乗するガンメン「グレン」が合体し、「グレンラガン」となる。なお合体後もラガンとグレンに分離することができる。
グレンラガンに合体した状態で、メインパイロットの気力が130以上になると、HPが回復する特殊能力「HP回復(小)」が発動。さらにメインパイロットの気力と螺旋力(特殊スキル)のレベルに応じて、敵に与えるダメージが変化する。
グレンラガンに合体した状態で、「操縦者交代」を選択すると、メインパイロットとサブパイロットを交代させることができる。カミナをメインパイロットにすれば、気力が上がりやすい特殊スキル「戦意高揚」を持っているため、気力が一定値以上必要なグレンラガンの武器をシモンより先に使えるようになる。
「六神合体ゴッドマーズ」の主人公・明神タケルの出撃時の機体はガイヤーだが、気力が130以上になると「六神合体」が使用可能となり、コマンドを選択することでゴッドマーズに合体することができる。
「獣装機攻 ダンクーガ ノヴァ」の主人公・飛鷹葵の出撃時の機体はノヴァイーグルだが、葵の気力が130以上になると「超獣合神」が使用可能になり、コマンドで「超獣合神」を選択することでダンクーガノヴァに超獣合神することができる。
なお、ノヴァイーグル以外のヴァリアブルビーストマシンであるノヴァエレファント、ノヴァライガー、ノヴァライノスは単独の機体として使用することはできない。ただし、ダンクーガノヴァに合神するとそれぞれの操縦者はサブパイロットになるため精神コマンドは使用可能だ。
また、合神して5ターンが経過すると、ダンクーガノヴァは機関暴走を起こし合神は自動的に解除されてしまう。一度解除されると、同じマップ上では再び合神することはできない。
「コードギアス 反逆のルルーシュ」のキャラクター、ゼロは「戦術指揮」という特殊スキルを持っている。コマンドで「戦術指揮」を選択すると、「攻撃指揮」、「防御指揮」、「特攻指揮」の効果に応じて、特定の範囲内にいる味方ユニットの能力が1ターンの間変化する。ただしこのスキルを使用した場合、ゼロはそのターンは行動不能となる。
パイロットの気力が120以上の状態で敵を撃墜した場合、1回だけ再行動ができるという特殊スキル。なお、この特殊スキルは1ユニットにつき1フェイズに1回だけであり、メインパイロットを変更して気力が120以上の状態で敵を撃墜しても再行動はできない。
①パイロットの気力が120以上の状態で敵ユニットを撃墜すると【連続行動】と表示され、1回だけ再行動が可能になる。
②【連続行動】は「パイロット養成」で修得させることも可能。
ユニットの移動力が常に+1される特殊スキル。この特殊スキルを持っていると、気力130以上でさらに移動力が+1され、あわせて移動力が+2になる。なお、この特殊スキルは「パイロット養成」にて修得することもできる。
①ヘルプ画面。特殊スキル【ダッシュ】の効果が表示されている。
②パイロット能力画面。パイロットの気力が130以上になると【ダッシュ】の文字が緑色に変化し、移動力が+1から+2へ上昇する。
※「PP」とは「パイロットポイント」のこと。パイロットポイントは「パイロット養成」でスキルを修得する場合などに使用。
①任務を選択する画面。自動的にパイロットを割り振る機能もある。
②任務を選択するとパイロット選択画面に移行。画面左に出撃しなかったパイロットの一覧が、画面右には選択済みのパイロットが表示される。
③パイロット選択後、①の画面で「オーダー・一括実行」を選択するとすべてのパイロットがボーナスPPを獲得する。すべての任務を一括で実行する「一括実行」と、個別で任務を実行する「個別実行」の切り替えが可能だ。
①攻撃範囲を選択。
②ウイングガンダムのバストアップが挿入され……
③バスターライフルが発射される。
ガンダムDXは月が出ているマップに出撃すると、サテライトキャノンのチャージを開始し、3ターンでチャージが完了する。チャージが完了した状態で気力が140以上になっていればツインサテライトキャノン(マップ兵器)が発射可能。
①ガンダムDXのシルエットのカットインが挿入され、チャージが完了。
②攻撃範囲を選択。
③ガンダムDXのバストアップのカットインが挿入され……
④ツインサテライトキャノンが発射される。
①射程範囲(青色)から、攻撃範囲(赤色)を選択。
②グレンラガンの迫力のバストアップのカットインが挿入され……
③攻撃範囲に炸裂!
①ジェットスクランダーを装備したマジンガーZが登場。
②スクランダーで飛行するマジンガーZ。
③マジンガーZの正面からのカットインが挿入。
④スクランダーで切り裂かれる機械獣。
①ヨーコMタンクが登場。
②迫力満点! ヨーコのカットインが挿入され……
③超電導ライフルを発射!
④満足気なヨーコの笑顔。
①ゲッター3が登場。
②ゲッター3の両腕が伸びる!
③敵を両腕でつかむと……
④武蔵のド迫力のカットインが!
⑤続けてゲッター3のカットインが挿入され……
⑥投げ飛ばされる敵。
⑦ゲッター3の両腕が戻り、敵が爆発する。