ソウルと呼ばれる恒星。その第1惑星であるS－1星は、滅亡の危機に瀕していた。放射能汚染が進み、余命いくばくもないS－1星を救うため、レイガン博士は、放射能ろ過装置の研究を進めていた。一方、軍部を率いるゼオ・ガットラーは、移住可能な惑星を探して武力侵略を行うという策を提案していた。そして、レイガン博士の実験が成功したその日、ガットラーは皇帝トリノミアス三世を暗殺。さらには、腹心の部下ローザ・アフロディアをレイガン博士殺害のために向かわせた。アフロディアはレイガン博士の暗殺に成功するも、博士の息子マリン・レイガンは、アフロディアの弟ミランを射殺して、亜空間航行機パルサバーンで脱出。マリンは、ガットラー率いるアルデバロン軍の亜空間要塞アルゴルと戦おうとするが、その亜空間ワープに巻き込まれてしまう。
　目覚めたマリンは月にいた。そのころ、木星や火星にある地球人の基地は、突如として現れた謎の侵略者──アルデバロン──に攻撃されていた。地球防衛軍ブルーフィクサーにより発見されたマリンは、侵略者の仲間として連行されてしまう。雷太、オリバーらブルーフィクサーの面々から敵のスパイだと、あらぬ嫌疑をかけられてしまうマリン。父を殺したアルデバロンを憎んでいるのだというマリンの声も、彼らには届かない。そんななか、アフロディアが繰り出したアルデバロンメカ、ビッグオクトの襲来により、雷太が乗るキャタレンジャー、オリバーが乗るバルディプライズがピンチに陥る。マリンは地球の技術で改造により強化されたニューパルサバーンで出撃。キャタレンジャー、バルディプライズと合体したバルディオスで、ビッグオクトを撃破するのだった。

　キャラクター面での最大のトピックは、やはりマリンと女軍人アフロディアの関係だろう。お互いに肉親の仇でありながら、しだいに惹かれあっていく展開はある意味王道ともいえる。ただし、特筆すべきなのはマリンとアフロディアの道は、いく度となく交差しつつも最終的に１つにならずに悲劇の幕を閉じる点である。また、異星人であるマリンが長きに渡って地球人から過酷な仕打ちを受けてしまうという点にも注目したい。従来のアニメでは、多くの場合異星人は倒すべき敵であった。本作でもそれ自体は変わらないが、地球のために戦う主人公であるにもかかわらず、S−1星人であるというだけで、いわれなき蔑視の目を向けられるという展開は、人間がもつ負の側面を生々しく表現している。S−1星人からは裏切り者として、地球人からはスパイとして疑われるマリンだが、少しずつ地球人に受け入れられていくという希望も描かれている。

●ブルーフィクサー

　正式名称「ブルー・フィクサー・シークレット（BFS）」。西暦2091年に設立された地球の環境汚染を調査するために世界連盟が設立した組織。月影剛士が長官を務める。ブルーフィクサー基地は通常時は地上に固定されているが、有事の際には移動要塞として浮上することが可能となっている。バルディオス完成後のブルーフィクサーは、世界連盟軍を凌駕する戦力を有しており、「影の軍隊」とまで呼ばれるほどになっている。
　ちなみに、本作の世界観では地球が外敵からの攻撃にさらされたのは初めてではない。西暦1999年に異種生命体からの攻撃を受け、甚大な被害を被っているのである。この時の反省から世界は1つとなり、統一国家である世界連盟が誕生したのである。