宇宙世紀0093年、グリプス戦役以降行方不明になっていたシャア・アズナブルは、ジオン公国軍の残党を率いてネオ・ジオンを名乗り、地球連邦政府に対して反旗を翻し、地球寒冷化作戦を実行に移した。ブライト・ノア率いる地球連邦軍の外郭部隊ロンド・ベル隊の抵抗もむなしく、小惑星フィフス・ルナは地球へと落着してしまう。戦いのなかで、ロンド・ベル隊のアムロ・レイは、かつてのライバルであるシャアと再会するが、モビルスーツ（MS）の性能の差は覆し難く、シャアの一方的な勝利で緒戦は幕を閉じた。
　恋人であるチェーン・アギが整備したサイコ・フレーム搭載MS、ν（ニュー）ガンダムを受領し、アムロはネオ・ジオンの第二波迎撃に向かう。そんななか、宇宙へ上がったブライトの息子ハサウェイは、連邦軍の高官アデナウアー・パラヤの娘クェスと知り合う。一方、シャアはロンデニオンにおいて、アデナウアーら連邦軍高官との交渉会談に赴いていた。地球連邦政府は、小惑星アクシズを譲渡することで、ネオ・ジオンを懐柔しようと試みたのである。ハサウェイとクェスの観光に同行したアムロは、シャアと再会。クェスはシャアに興味を持ち、シャアを銃撃しようとしたアムロから助け、ともに逃げ去った。

　この作品のタイトル『逆襲のシャア』からもわかるとおり、34歳になったシャアの内面描写は1つの大きなポイントといえる。自分が「アコギなことをしている」と気づきながらも、ただアムロに自分を止めるよう期待するシャアの姿は悲哀に満ちている。新技術であるサイコ・フレームの製法をリークしてまで、アムロと対等な形での決着を望んだシャアと、そんなシャアを非難するアムロ。シャアは大局を見据える立場にあるにもかかわらず、その行動原理の根底には、子どもじみた純粋さが見え隠れしていた。過去に死んだニュータイプの少女、ララァ・スンに拘泥し続けるのも、彼の内面的な脆さと甘えを表している。たしかに劇中でアムロが言うとおり、シャアは「情けない奴」ではあるのだろう。だが、その生々しさこそが『逆襲のシャア』における、彼の魅力となっているのだ。そしてそれは、これまでのシリーズ作品で、いく度となく「人々を導く、理想となるべき人物」として描かれているだけに、なおさら際立つ。『ガンダム』はリアルな戦争を描いたアニメとして広く認識されている。だが、「ガンダムが描いたリアル」の1つの柱として、シャアという1人の男の生きざまがあったことは、いまさらいうまでもないことであろう。

●ニュータイプ

　シャアの父である、ジオン建国の祖、ジオン・ズム・ダイクンが提唱した新人類のこと。ジオン・ダイクンは、人類がその居住空間を宇宙に移すことにより、その空間の拡大に対応すべく、認識力や洞察力も拡大されるであろうと考えた。これにより、他人の思考や感情を、空間の距離を超越して誤解なく理解できるようになった人類が、本来のニュータイプである。
　ニュータイプが持つ認識力は、一種の予知能力（先読み）としても機能するため、戦闘においては優秀なパイロットとなる可能性が高い。しかも、ニュータイプは特殊な脳波を出しており、これを検知してファンネルなどの遠隔操作兵器などを操作するサイコミュ（サイコ・コミュニケーター）を使用することが可能となっている。
　これらのことから、ニュータイプは戦闘に長けた能力であると曲解されることが常であり、正しい意味合いでニュータイプを理解している者は少ない。また、ニュータイプを戦いの道具としてとらえた者たちにより、薬物投与や人体改造によって生み出された、強化人間という人工ニュータイプも存在している。