時は22世紀。大規模な戦いこそ起こらないものの、世界の各地では紛争が頻発していた。そんななか、善悪や思想を問わずに劣勢に立たされた勢力に味方する謎のロボットが出没してはちまたを騒がせていた。ある日、モデル兼レーサーの飛鷹葵は、ドラゴンズハイヴと呼ばれる謎の施設へ連れ去られてしまう。そこには、葵と同じように、警視庁の麻薬捜査官である館華くらら、敏腕サラリーマンのジョニー・バーネット、ホームレスの加門朔哉が集められていた。ドラゴンズハイヴの司令官である田中は、彼女たちを謎のロボットのダンクーガノヴァのパイロットとしてスカウト。田中の強引ないい分に拒絶した葵たちだったが、無理やり小国の紛争に介入させられてしまう。4人はそのときの刺激が忘れられなくなり、ダンクーガノヴァのパイロットとして戦うことを決意するのだった。
　自分たちが選ばれた理由も、ダンクーガノヴァが弱者に加担する理由も知らされぬまま、各地の紛争に介入を続ける葵たちチームDは、戦いのなかで赤いダンクーガ──R－ダイガン──と遭遇する。R－ダイガンは、ときにチームDに手を貸し、またときに敵として立ちはだかる……。

　この作品の主人公であるチームDの面々はクールで無関心を装っており、血気盛んだった前作『超獣機神ダンクーガ』の獣戦機隊とは対照的なキャラクターである。そんな彼女たちが、次第に獣の野性を内包した熱さに目覚めていくさまこそが、この作品のメインテーマだ。ちなみに、放映以前に大張氏は「ダンクーガは青い光でクールに燃えるイメージ」という発言をしている。そのイメージが結実したキャラクターこそがチームDなのであろう。キャスティングについても見逃せない。ドラゴンズハイヴの司令官であるF.S.の声優が、前作で藤原忍を演じた矢尾氏であるのは先述のとおり。それに加え、F.S.の協力者であるアースWILL（およびボスであるムーンWILL）は、前作で獣戦機隊のライバルとなったシャピロ・キーツを演じた若本規夫氏が担当している。旧作での敵と味方のキャストが手をとって戦う構図だが、これは「忍とシャピロが力を合わせなければ勝てない大きな敵」というイメージが込められてのことだったという。さらには、R－ダイガン陣営のウラジミール役として、前作で結城沙羅役を演じた山本百合子さんが再登場。第8話のゲストキャラクター、神官ローサ役として前作でローラ・サリバンを演じた藤原理恵さんが起用されるという、前作ファンを意識した要素も多数あった。

●ドラゴンズハイヴ

　100年前に隆起して現れた龍牙島に本拠を置く、ダンクーガノヴァの秘密基地。世界的企業体イゴールコンツェルンの総裁であるF.S.（フォグ・スウィーパー）を責任者として、紛争の拡大防止を目的として、国際連盟の各国から強力な支援を取りつけている。ただし、F.S.とメインコンピューターWILL（アースWILL）の意図には謎が多く、ダンクーガノヴァのパイロットであるチームDに直接指揮を下す上司である田中司令にも、ダンクーガノヴァの真の目的など多くは知らされていない。
　建造物としてのドラゴンズハイヴは、その名のとおり龍を模した外観を持つ基地だが、第11話ではドラゴンそのものの姿をした移動要塞としてその全貌を現し、チームDの母艦となっている。なお、ダンクーガノヴァのほか、その行動をサポートする潜水艦D−ポセイドンや、輸送機D−フェニックスなどの兵器も所有している。