「あなたと合体したい…」──放映当時に用いられた、このセンセーショナルなキャッチコピーこそが、まさにこの作品の本質を体現している。むろんこれは、3機のベクターマシンが合体して誕生するアクエリオンのことを指しているが、それだけではなく「合体」というテーマは、この作品のストーリー全体を通じて繰り返し語られている。不動GENの特訓から、アポロたちエレメント候補生が見出していく、人と人が互いを受け入れてともに歩むという心の「合体」は、この作品ではそのままバトルシーンでの新必殺技に直結しているのだ。また、第19話「けがれなき悪戯」では、歪んだ世界を表現するために、作画監督としてうつのみや理を起用。通常とは大きく異なる、デフォルメされたまるで別番組のようなキャラクター、世界観でほぼまるごと1話を構成するなど、視聴者の予想を超えた演出も盛り込まれた。
　これらの諸要素が相まって本作は大人気を呼び、2007年には設定を始めとして随所が変更されたOVA版がリリース。さらに同年新作エピソードの『劇場版アクエリオン－壱発逆転篇－』と、OVA版をベースとして構成された『劇場版アクエリオン－創星神話篇』の併映となる劇場用作品が上映されており、その人気のほどがうかがい知れる。

　「合体」をメインテーマとする本作にとって、もっとも重要なファクターが主役ロボットのアクエリオンだ。基本的には、3機のベクターマシンが、組み合わせにより3つの異なるロボット形態に合体するのだが、劇中では応急的な合体であるアクエリオンソルナや、量産型である強攻型アクエリオンとのハイブリッドとなるアクエリオンエンジェルなど、さまざまな新形態が登場して視聴者を驚かせた。これを可能としたアクエリオンの合体機構は、メカデザインをするにあたり河森監督がレゴブロックによるモデルを製作して検討したというのは、有名なエピソードである。アニメ制作と並行して作られた超合金は、河森監督のほぼイメージどおりだったらしく、このブロックモデルを踏襲し、完全変形合体が可能な超合金玩具も発売されている。河森監督によると、この玩具で遊んでいるときに誕生したのが、強攻型アクエリオンが劇中で合体した、アサルトウォーカー形態とアーマゲドン形態であるという。

●堕天翅族

　頭や背中など、身体の一部に羽状の器官を有する種族。「堕天翅」は人類側からの呼称であり、彼らは自らを「天翅」と呼んでいる。南極の氷に封印されていたアトランディアを都とし、パワーストーン工学の粋を集め、突然変異に過ぎなかった羽状器官を超能力を用いることができる特殊器官へと変化させた。1万2000年前に勃発した人類との戦い、そしてアポロニアスの裏切りによってアトランディアもろとも滅び去ったかに思えたが、長き歳月を経て復活を果たした。現在は羽状器官の開発メンバーの１人であった老賢翅・夜翅（ヨハネス）によって率いられている。
　彼らの超能力は圧倒的で、人類のことを「翅なし」と呼び蔑んでいるが、堕天翅族にはほとんど子どもが生まれなくなっており、種としては存続の危機に瀕している。彼らがケルビム兵や収穫獣と呼ばれる兵器を使用して人類のプラーナを集め、生命の樹の受粉を急ぐのは、滅亡の危機から堕天翅族を救うためである。