西暦2148年。人類は火星で時空を超える大いなる技術“マスエフェクト”を発見し、遠宇宙に進出した。そこで、遥かに進んだ技術力を持つ異星人と遭遇した人類は、彼らとの戦争に敗れ、2165年に銀河系を統治する全宇宙的組織“シタデル評議会”の傘下に入った。

　主人公である連合軍少佐・シェパードは、ある時、銀河の法と秩序を守る組織“スペクター”の一員・サレンがとある陰謀を働かせようとしていることを知る。しかし、シタデル評議会にサレンの裏切りを告発するも、新参者である人類の主張は通らなかった。

　こうしてシェパードは、サレンの陰謀の決定的な証拠をつかむべく、宇宙観ノルマンディーで広大な銀河へと旅立つことになる――。