本作では、主人公への強い感情移入を実現するキャラクターカスタマイズ機能が搭載されている。ゲーム開始時に、性別や容姿、出身や経歴などのバックグラウンド、そして戦闘スタイルなどを選択することが可能。バックグラウンドの選択によっては、登場人物の反応やサブクエストが変化し、本作のストーリーがより奥深いものとなる。
ノルマンディー艦内にある“ギャラクシーマップ”を開くことで、広大な銀河を自由に移動することができる。銀河には未知なる惑星が多数存在し、どの惑星を調査するかはプレイヤーの決断次第だ。広範囲のギャラクシーレベルから場所を少しずつ絞って調査する惑星を決めよう。各惑星に上陸し探索していくことで、豊富なサブクエストや、サイドストーリーが展開していく。
戦闘システムは、敵との遭遇とともにシームレスバトルが開始し、移動時と同じ3人称視点のまま戦闘に突入する。プレイヤーは、武器、バイオティックパワー、テクノロジーを使い分けて戦う他、部隊メンバーへの指示も可能。行動、武器の選択、アビリティ使用などの指示を出し、敵の動きを封じつつ戦うなど、戦略性の高いバトルが楽しめる。
