1946年、大西洋海中に建設された海底都市「ラプチャー」。ラプチャーは、地上のあらゆる法や規制にとらわれず、研究活動に専念できる研究者たちの理想郷として存在した。そんな中、偶然にもウミウシの中から遺伝物質「アダム」が抽出された。理性と引き換えに肉体能力が飛躍的に向上するアダムに研究者たちは魅了され、誰もがこの物質を研究し始めた。激化していく研究開発はやがて武力を伴うようになり、ついには一般人を巻き込んだ人体実験も行われるようになる。結果、ラプチャーは壊滅への道をたどることとなった……。
1960年、奇しくも同じ太平洋海上で飛行機事故が発生する。多くの乗客を巻き込んだこの大惨事の中、唯一の生存者となったジャックは、ラプチャーへの入り口を発見し避難する。“アトラス”と名乗るラプチャーの生存者の指示に従いながら、崩壊したラプチャーの深部へと進んでいくジャック。
そこにはアダムによって変異した異形の住人たちが潜んでいることも知らずに──。
