本作の舞台となるラプチャーでは、遺伝物質アダムによって自我の崩壊したスプライサーが待ち受けている。肉体が変異し、高い戦闘能力を持つようになった彼らに対して、主人公ジャックはピストルやショットガンといった銃火器で迎え撃つことになる。人間離れした肉体能力と、正気は失いながらも人間であった時の知能を持つラプチャーの住人を前に、果たしてジャックは生き延びることができるのか?
本作には、電撃を発する「エレクトロボルト」、炎を操ることができるようになる「インフェルノ」など、多彩な特殊能力が用意されている。これらの能力を上手に利用すれば、もちろん効率的に敵を倒していくことができる。
しかし本作の特殊能力の用途は、それだけにとどまらない。たとえば扉の電子ロックにエレクトロボルトを使えば、機械をショートさせることが可能になる。また、インフェルノで凍りついた扉を溶かせるなど、特殊能力の存在がゲームの進行に大きく影響してくる。特殊能力を使いこなせるようになったとき、初めて崩壊したラプチャーで生き延びる道が開けてくる。